石馬寺は、国の重要文化財に指定されている仏像１１体をはじめとして、市指定文化財の仏像や掛軸等、数多くの仏教美術を所蔵しています。
掛軸は非公開ですが、重要文化財に指定されている仏像等については、常時一般公開しております。
重要文化財（国指定)
阿弥陀如来座像 （平安時代）
十一面観世音菩薩立像（２体）（平安時代）
役行者大菩薩腰掛像 （鎌倉時代）
大威徳明王牛上像 （平安時代）ほか計11体
重要寺宝
十一面千手観世音菩薩立像（秘仏：一代の住職が生涯一度だけ御開帳。令和5年に開扉）ほか東近江市指定文化財の仏像 計3体
聖徳太子馬上像（二十二歳）（伝 聖徳太子作）
聖徳太子合掌像（三歳） （伝 聖徳太子作）
大日如来座像（中合百貨店創業者の中村氏寄進）
雲居国師像
閻魔大王座像
不動明王立像
